根据建设方案，沪通铁路自宁启铁路(南京－启东)平东站引出，沿九圩港西侧至南通捕鱼港附近跨越长江至张家港市，往南接入京沪线安亭站。沪通铁路南通至上海安亭段目前预设9个站，江苏境内分别是平东、南通西、张家港北、张家港、常熟、太仓港、太仓7个站，上海境内有安亭、黄渡2个站。
南通市铁路办负责人说，新建平东至安亭段长度137.28公里，旅客列车设计时速为200公里，从南通到上海只要1小时左右。
沪通铁路输送能力设计为：南通至太仓段列车对开，各100辆/日、货运2500万吨/年；太仓至安亭段列车对开，各120辆/日、货运1500万吨/年